| 記錄編號 | 5768 |
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| 狀態 | NC093FJU00392035 |
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| 助教查核 | |
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| 索書號 | |
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| 學校名稱 | 輔仁大學 |
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| 系所名稱 | 資訊工程學系 |
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| 舊系所名稱 | |
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| 學號 | 492515069 |
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| 研究生(中) | 黃志帆 |
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| 研究生(英) | gavin huang |
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| 論文名稱(中) | 以Web-based介面進行範例式查詢生化代謝途徑查詢系統 |
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| 論文名稱(英) | A QBE-like and Web-based Retrieval System for Metabolic Pathway |
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| 其他題名 | |
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| 指導教授(中) | 徐嘉連 |
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| 指導教授(英) | JIA-LIEN HSU |
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| 校內全文開放日期 | |
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| 校外全文開放日期 | |
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| 全文不開放理由 | |
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| 電子全文送交國圖. | |
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| 國圖全文開放日期. | |
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| 檔案說明 | |
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| 電子全文 | |
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| 學位類別 | 碩士 |
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| 畢業學年度 | 94 |
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| 出版年 | |
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| 語文別 | 中文 |
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| 關鍵字(中) | 生化代謝途徑
範例式查詢
關聯式資料庫
相似性計算函數
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| 關鍵字(英) | Metabolic Pathway
Query-by-example
Similarity Matching
Contend-based Retrieval
Relational Database |
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| 摘要(中) | 我們針對生物資訊中快速成長的生化代謝途徑（Metabolic Pathway）資?提出新的範?式查詢（Query-by-example）介面，解決使用者於目前Internet知名生化代謝途徑資?庫查詢網站介面中只能透過簡單的關鍵字（Keyword-based）而無法表達條件間的關係進?內涵式查詢（Contend-based Retrieval）的缺失，滿足可依提供查詢相對關係條件之相似性比對（Similarity Matching）加以排序，使能快速找到真正所需生化代謝途徑的問題。
我們將生化代謝途徑簡化為圖型（Graph）資?：即?用資?庫分別儲存節點（Node，如酵素（Enzyme））、接線（Edge，如化合物（Compound））資?與相對位置，並?用Evangelos Simeonidis[Seva03]等人在生化代謝工程期刊（Metabolic Engineering）提出的生化代謝途徑相似?計算演算法，?計算使用者提供查詢之生化代謝途徑範?與資?庫中的生化代謝途徑相似?。
我們實作的系統可讓使用者?用網?瀏覽器（Web Browser）在Internet上透過友善（User?friendly）的「圖型式」輸入範?（Graph Example）介面進?查詢，也採用開放式的資?交換格式：GML（Graph Modeling Language）提供「上傳」查詢的範?圖檔，亦可運用在生化代謝途徑上之酵素關鍵字（Enzyme Keyword）、化合物關鍵字（Compound Keyword）或成對的鄰近酵素（Neighbor Enzyme Pairs）加上其間的反應化合物，?用我們定義的結構性文字語法及符號以表達關?性等輸入條件的方式，在我們提供的系統中進?相似性比對查詢；為提供可攜性高（Portability）、可交換性（Exchangeable）的生化代謝途徑資?，我們亦提供將查詢所得到的結果以GML格式轉出（Export）。
另為?用傳統關?式資?庫（Relational Database）的成熟技術與眾多研究調校後的速?，我們將所有的生化代謝途徑資?進?模組化（Modeling）存入我們定義在關?式資?庫中的表格（Table），並將各種型式的查詢條件均轉換為標準SQL（Structured Query Language）語法，使得在資??非常巨大時，還可快速處?大?的查詢需求並排序查詢結果；最後我們採用?可攜性高（Portable）、可跨作業平台（System Platform）的Java程式語言進?專案建置，?提高整個專案的可擴充性
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| 摘要(英) | A QBE-like and Web-based Retrieval System for Metabolic Pathway |
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| 論文目次 | 1.序?
1.1.生化代謝途徑（METABOLIC PATHWAY）的意義
1.2. 於KEGG的生化代謝途徑表示法簡介
1.3. GML簡介
2. 相關研究
3. 研究目的
3.1. 生化代謝途徑定義
3.2. 研究問題定義（PROBLEM DEFINITION）
4. 研究方法
4.1. MULTIPLE QUERY TYPES?明
4.2. 生化反應所需最小次?函?定義
4.3. 生化代謝途徑資?的取得與儲存
4.4. 生化代謝途徑資?轉存入關?式資?庫表格的方法
4.5. 查詢圖型?割法
4.6. MULTIPLE QUERY TYPE ALGORITHM
5.系統實作
5.1.系統架構
5.2. 查詢介面
5.3. 伺服器、資?庫系統及開發語言
6. 結?與未?目標
?考文獻
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| 參考文獻 | [BIND] BIND website, http://bind.ca/.
[Bioc] BioCarta website, http://www.biocarta.com/.
[Bioi03] Bioinfo website, http://www.bioinfo.de/isb/2003/04/0007/main.html - img-4.
[Biop05] BioPAX Workgroup, “Biological pathways exchange language level 2, version 0.9 （Draft Release）Documentation Recommendation”, April 29, 2005.
[Chan05]張青揚, “Modeling, QBE?like query and processing for metabolic pathway data”, 輔大資訊工程研究所畢業?文, June 2005.
[Cjkr04] C. J. Krieger, “A multi-organism database of metabolic pathways and enzymes”, Nucleic Acids Res. 32 Database issue, D438-42, 2004.
[Clem04] C. Lemer, “A web interface to a relational database of cellular processes”, Nucleic Acids Res. 32 Database issue, D443-8, 2004.
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| 論文頁數 | 51 |
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| 附註 | |
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| 全文點閱次數 | |
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| 資料建置時間 | |
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| 轉檔日期 | |
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| 全文檔存取記錄 | |
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| 異動記錄 | M admin Y2008.M7.D3 23:17 61.59.161.35 |
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